Vào tháng 8 năm 1935, Bộ Hàng không Đế chế Đức (Reichsluftfahrtministerium) trình lên Bộ chỉ huy tối cao quân đội Đức (OKH) một dự án mẫu máy bay với 3 ghế ngồi, tốc độ cao, trọng tải 800–1000 kg (1760-2200Ib)[2]. Tập đoàn Junkers đã đưa ra bản thiết kế đầu tiên vào tháng 6 năm 1936, ngay sau đó họ được cấp giấy phép để sản xuất các mẫu thử (Werknummer 4941 và 4942). Hai mẫu Junkers 88 đầu tiên có tầm bay khoảng 2000 km (1240 dặm) và sử dụng hai động cơ Daimler-Benz DB 600, trang bị 3 khẩu súng được đặt gần buồng lái và các móc dưới cánh có khả năng mang 2 quả bom nặng 1000 kg (2200Ib). Ba mẫu tiếp theo (Werknummer 4943, 4944 và 4945) sử dụng hai động cơ Junkers Jumo 211, 2 bộ tản nhiệt được lắp vào giúp máy bay bay được nhanh và ổn định hơn, bộ bánh đáp đôi cải tiến ở phía sau động cơ máy bay, khi bay có thể xếp vào trong buồng chứa.

Nhưng đến phiên bản V-6 thì được thiết kế khác hẳn, được xem là gần giống với mẫu máy bay Curtiss P-40 của Mỹ. Động cơ vẫn là loại Junkers Jumo 211, tuy nhiên, các vị trí súng máy được thay đổi, chỉ còn hai súng ở buồng lái và một súng được dời lên giữa thân trên máy bay. Bộ bánh đáp cũng được điều chỉnh lại vị trí gần với buồng lái hơn, tăng cường thêm bộ giảm xóc, giúp trong trường hợp bị bắn trúng, kíp lái ít bị tổn thương hơn do bảo vệ của bộ bánh đáp. Trong trường hợp phải hạ cánh khẩn cấp, V-6 có thể đáp xuống dễ hơn do hai chân chống gần buồng lái, cùng đáp xuống làm máy bay sẽ bị cản lại phần nào và bộ giảm xóc cũng sẽ góp phần làm máy bay ít bị hư hại hơn[3].

Cùng thời điểm, tập đoàn Junkers cũng đang nghiên cứu đến việc phát triển loại máy bay bổ nhào hạng nặng (heavy dive-bomber). Ngay lập tức, Junkers Ju 88 cũng được phát triển theo dòng này bằng việc gia cố lại cánh, buồng lái tăng lên 4 người, hệ thống kĩ thuật cũng được trang bị lại bằng cách thêm hai động cơ nữa, phanh,... Nhưng tất cả những cải tiến trên chỉ đủ để biến Junkers Ju 88 thành máy bay ném bom bổ nhào hạng trung.

Bộ tản nhiệt của Junkers Ju 88 được sắp đặt khá hợp lý - đặt ngay trước mỗi động cơ trên máy bay, giúp làm mát một cách tốt nhất máy bay. Các mẫu máy bay đời sau như Arado Ar 240, Heinkel He 177, Heinkel He 219 đều sử dụng bộ làm mát này và các mẫu dựa cải tiến hệ thống này như Focke-Wulf Fw 190 và Focke-Wulf Ta 154.

Mẫu Junkers V-1 đầu tiên cất cánh trên bầu trời nước Đức là vào ngày 21 tháng 10 năm 1936. Đứng đầu lực lượng Luftwaffe là Hermann Göring đã rất ấn tượng khi xem màn trình diễn của V-1 lượn lách trên không trung với tốc độ khoảng 580 km/h[4]. Ngay từ lần cất cánh đầu tiên V-1 chứng tỏ nó đã có thể hoàn toàn đáp ứng được yêu cầu của Luftwaffe cho một loại máy bay ném bom tốc độ cao (Schnellbomber). Mẫu V-5 còn đạt hơn cả mong đợi với tầm bay hơn 1.000 km (620 dặm), có thể mang hơn 2.000 kg (4.410 lb) bom với tốc độ 517 km/h. Dù về sau tập đoàn Junkers vẫn tiếp tục phát triển các phiên bản Ju 188, Ju 388 với các cải tiến nho nhỏ, Junkers Ju 88 vẫn được Luftwaffe dùng làm loại máy bay ném bom chủ lực.